Il territorio comunale di Cannara è caratterizzato dalla presenza del fiume Topino, che lo attraversa per un tratto di 5 Km.
La fertile pianura circostante occupa il 40% dei 32,65 Kmq del territorio; il restante territorio è collinare e supera i 500 metri nell'area della frazione Collemancio.
Questa parte di territorio è caratterizzata da un ambiente ricco di ulivi, vigneti, castagni e querce ravvivato nel periodo primaverile-estivo da macchie intense di ginestre fiorite e di prati in fiore.
Fino al VII-VI sec. a.C., la pianura è caratterizzata da acque lacustri ed in seguito da acque palustri fino al 1820, quando viene ultimata la bonifica delle paludi residuali di Spello e Assisi. A questa opera è seguita, sviluppandosi per tutto l'ottocento, l'ulteriore e decisiva regolazione idraulica del territorio.
Dentro i margini di questa valle, aggiunta alle colline circostanti, i cannaresi hanno costruito il loro habitat strappandolo alle acque e difendendolo da esse.